60 minutes

pour révolutionner le diagnostic en Microbiologie

Une septicémie ou sepsis est une réaction inflammatoire généralisée de l'organisme, en réponse à une infection grave provoquée par le développement de germes pathogènes dans le sang.

Au niveau mondial, une personne meurt de sepsis ou de ses suites toutes les 5 secondes, soit près de 6 millions de décès.

En bactériologie clinique, le diagnostic d’une infection sanguine est obtenu en moyenne entre 24 et 48 heures. Tout délai dans l’identification de la bactérie et/ou la détermination de l’antibiogramme a un impact direct sur le retard de l’administration d’un traitement antibiotique adapté et, par conséquent, sur l’évolution clinique des patients et plus largement dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques. En d’autres termes, plus le diagnostic est rapide, plus le traitement antibiotique sera adapté, plus le taux de survie des patients augmente.

Basé sur une approche protéomique utilisant une technologie brevetée de spectrométrie de masse ciblée, l’équipe IdBIORIV s’est donnée 5 ans pour développer un outil de diagnostic du sepsis permettant en moins de 60 minutes l’identification du pathogène, la caractérisation de son profil de résistance aux antibiotiques et de son niveau de virulence.

Lauréat de la quatrième vague de l'appel à projets RHU - édition 2018, le projet IDBIORIV ANR 18 RHUS 0013 repose sur une collaboration complémentaire entre trois partenaires : l’Institut des agents infectieux des Hospices Civils de Lyon/Centre international de recherche en infectiologie, l’Institut des Sciences Analytiques de l'Université Claude Bernard Lyon 1 et SCIEX, industriel leader mondial en spectrométrie de masse.

Une nouvelle ère de diagnostic

Basé sur une approche protéomique, le principe de l'outil IDBIORIV respose sur la détection ciblée de peptides "signature" d'identification de pathogènes et de mécanismes de résistance aux antibiotiques

Le panel de détection est composé de 90 espèces et des 4 principales familles d'antibiotiques couvant plus de 98% des situations cliniques du sepsis.

le principe du projet

L'organisation

Le RHU est organisé en grandes missions thématiques appellées WorkPackage

WP 1 Management, coordination, et dissémination

Le Professeur François Vandenesch, en sa qualité de Responsable Scientifique et Technique du projet pilote l'ensemble de la stratégie scientifique du RHU.

Ce WP regroupe l'ensemble des comités impliqués dans la gestion administrative, financière et scientifique. Assisté par un chef de projet, Professeur François Vandenesch est l’interlocuteur privilégié des partenaires et de l’ANR. Il a également la charge de l’animation scientifique du RHU. La Direction de la Recherche en Santé des Hospices Civils de Lyon assure la coordination administrative et financière du RHU en complémentarité avec Lyon Ingénerie Projets en articulation à l'Université Claude Bernard Lyon1.

WP 2 Développment de l'outil analytique

Sous la responsabilité du Professeur Jérôme Lemoine, le WP 2 est élément clef du RHU, il comprend les 3 tâches suivantes :

1/ Etape analytique et construction de la base de données des peptides signature

2/ Développement informatique : base de données, logiciel d'acquisition, interface Diagnostic et modélisation de la prédiction de CMI

3/ une étapde de validation analytique : analyse de 1500 souches caractérisées (CNR Résistance Antibiotiques)

WP 3 Validation Clinique

Ce WP repose sur la mise en place d'une étude clinique de type cohorte de 4000 patients permettant de valider en situation clinique les résultats de l'outil IDBIORIV

WP 4 Support Génétique des variations protéomiques

Coordonné par le Centre International de Recherche en Infectiologie, ce WP de nature plus physiopathologique et recherche fonctamental, explore les supports génétiques des variations protéomiques observés sur les mécanismes de résistance et de virulence

WP 5 Valorisation Propriété Intellectuelle

La valorisation des résultats obtenus durant le projet est un point majeur du programme RHU. La stratégie de valorisation (brevet, licence...) est encadrée par un accord de consortium signé entre les partenaires et se concrétisera par la création d'une Start Up

IDBIORIV est composé de 5 WP5

Les équipes

L'Institut des Agents infectieux du LBMMS des Hospices Civils de Lyon Pr François Vandenesch

François Vandenesch, Olivier Dauwalder, Jean-Philippe Rasigade, Tiphaine Cecchini, Gabriel Carvalho, Raphaël Fleury Roxane Prat, Chloé Desbiolles, Yazid Makmani, Pierre L’Aour Dufour, Eléa Rae, Amelle Mayouf

Centre International de Recherche en InfectiologiePr François Vandenesch & Karen Moreau

Mariane Pivard, Florence Vincent, Sylvère Bastien, Pauline François, Karen Moreau

L'Institut des Sciences Analytiques UCBL Pr Jérôme Lemoine

Eva Peyrache, Francis Deforet, Iulia Macavei, Maud Gregson, Jérôme Lemoine, Romain Carrière

SCIEX Team Recherche Yves Leblanc

Jean-Baptiste Vincendet, Yves Le Blanc, David Cox